convertSeuratToSCE Converts the input seurat object to a sce object

Source: R/seuratFunctions.R

convertSeuratToSCE Converts the input seurat object to a sce object

convertSeuratToSCE(
  seuratObject,
  normAssayName = "seuratNormData",
  scaledAssayName = "seuratScaledData"
)

Arguments

seuratObject

Input Seurat object

normAssayName

Name of assay to store the normalized data. Default "seuratNormData".

scaledAssayName

Name of assay to store the scaled data. Default "seuratScaledData".

Value

SingleCellExperiment output object

Examples

data(scExample, package = "singleCellTK")
seurat <- convertSCEToSeurat(sce)
sce <- convertSeuratToSCE(seurat)
#> Warning: Layer ‘scale.data’ is empty